Lleva tu Investigación al Siguiente Nivel: Valida Interacciones Proteína-Ligando con GROMACS e Inteligencia Artificial
Deja de depender solo del docking estático. Aprende a construir, simular y analizar flujos de trabajo de Dinámica Molecular para respaldar tus tesis, papers o proyectos de descubrimiento de fármacos.
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¿Tus simulaciones se quedan cortas a la hora de publicar o defender tu tesis?
Muchos estudiantes e investigadores realizan docking molecular, pero carecen de las herramientas para validar la estabilidad estructural de esos complejos en el tiempo. En esta sesión práctica, cerrarás la brecha entre la teoría y la biofísica computacional aplicada.
Fundamentos Sólidos
Comprende la física detrás de la simulación (campos de fuerza, energía potencial) para evitar errores fatales en tus cálculos.
Flujo de Trabajo Reproducible
Aprende a limpiar, solvatar y preparar topologías con CHARMM36 de forma profesional.
Evidencia para tu Tesis o Paper
Transforma trayectorias en gráficos claros (RMSD, RMSF) listos para tus informes científicos.
Agenda de la Sesión: De la Estructura PDB al Análisis con IA
Tres módulos diseñados para llevarte de la teoría a la aplicación práctica
Módulo 1: Bioinformática Estructural
- Qué son los archivos .pdb y cómo se representan proteínas, ligandos y complejos biomoleculares
- Principios de dinámica molecular: energía potencial, campos de fuerza, condiciones periódicas
- Flujo general: preparación, minimización, equilibración, producción y validación inicial
Módulo 2: Preparación Rigurosa con GROMACS
- Cómo limpiar estructuras, revisar cadenas, residuos, agua, iones y ligandos
- Cómo construir topologías compatibles con GROMACS y campos de fuerza como CHARMM36
- Cómo definir caja de simulación, solvatar, neutralizar y preparar archivos .mdp
Módulo 3: Docking con IA y Análisis
- Cómo usar IA aplicada al docking, por ejemplo DiffDock, para proponer complejos proteína-ligando iniciales
- Cómo analizar estabilidad con RMSD, RMSF, contactos e inspección visual en VMD o PyMOL
- Cómo organizar resultados y generar gráficos claros para tesis, informes o artículos
Aprende de un Experto en Biofísica Computacional
Emilio Paredes Solis
Emilio Paredes Solis cuenta con experiencia en biología estructural, biofísica computacional y simulaciones de dinámica molecular aplicadas a sistemas biomoleculares.
- Investigador vinculado al Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt (UPCH)
- Proyectos relacionados con la University of Alberta (Canadá)
- Actualmente enfocado en neurociencia computacional en el Centro Bio de la UTEC e InnovaLab
- Domina el ecosistema completo: GROMACS, DiffDock, gmx_MMPBSA, VMD, PyMOL y Linux Ubuntu (CUDA/MPI)
Diseñado especialmente para:
Estudiantes y Egresados
De Bioingeniería, Biología, Biotecnología, Farmacia, Química, Ingeniería Biomédica y carreras afines.
Tesistas e Investigadores
Que necesitan preparar, simular o interpretar sistemas proteína-ligando para sus tesis o papers.
Profesionales de la Industria
Interesados en GROMACS, DiffDock, VMD, PyMOL y gmx_MMPBSA para aplicaciones en diseño de fármacos y biotecnología.
✓ No requieres experiencia avanzada en GROMACS. Si tienes bases de biología molecular o química computacional, esta clase es tu mejor punto de partida.